Prvi put se spominje 1066.godine u ispravi najznačajnijeg vladara hrvatske države, kralja Petra Krešimira IV.
1290.god. uspostavljena je šibenska biskupija, tada Šibenik dobiva status grada.
U 15. i 16.stoljeću Šibenik je jedno od najvažnijih hrvatskih humanističkih i renesansnih središta. U njemu djeluju književnici (Šižgorić, Vrančić); glazbenici (Šibenčanin, Lukačić); slikari i mnogi drugi.
U sastavu Habsburške Monarhije Šibenik je od kraja 18.stoljeća i ostaje sve do 1918.godine, uz kratki period francuske vladavine, za vrijeme Napoleona.
U sklopu Jugoslavije je, zajedno s Hrvatskom, od 1945.-1991., kad dolazi do Domovinskog rata u kojem Šibenčani prvi brane svoj grad i donose prvu pobjedu Hrvatske vojske.
Grad ima izuzetno značajni prometni položaj.